Если человек передвигается внутри шенгена на поезде, это погранцам в системе видно при пересечении границы? Самолеты - точно да.

Только если это определённые границы, и то, это нигде не фиксируется. Например, граница Австрия-Германия с 2015 проводит усиленный контроль. Ехали в сентябре на ночном поезде, пограничники на час где-то его остановили, чтобы проверить у всех документы. У нас просто посмотрели визы (венгерские), поблагодарили и на этом весь погранконтроль закончился.