Подскажите, билеты Токио-Киото на поезд можно прямо на вокзале день в день взять? Или нужно заранее?

Можно без проблем. Хоть прямо перед отправлением.

От сезона наверно зависит. Если вам нужно одно место или несколько не рядом - с большой вероятностью сможете. Если вам нужно два места рядом в ряду где всего два места - то лучше чуть заранее. Мы брали вечером на утро - и только в одном вагоне были свободны места рядом в ряду где два места. В нозоми компоновка 2/3 если что.