Были ли случаи, когда меняли ставку с 1% на 20% из-за того что платежи поступали от одного контрагента и соответственно расценивались как рабочие?

Это договором регламентируется, допустим ГПХ - это не трудовой договор. Так же фриланс на Upwork - выплаты регулярные и это фриланс на одно заказчика.

Нет. Все зависит от Вашего договора, направления деятельности, контрагента и от реалий работы. Только один контрагент значения не имеет.