При оформлении счета в БНБ на перевод BYN с ВТБ на БНБ по ВНЖ закончился срок ВНЖ. Может ли это послужить отказом банка на перевод, раньше 5 месяцев назад всё проходило. Будьте добры, подскажите!

Не может. Ваш ВНЖ вообще никак на переводы не влияет.

Вы же остаётесь клиентом банка) Тут значение имеет больше для новых клиентов. А переводить по этой схеме лучше на счет карты в бинах, тогда комиссия Бнб будет 1% вместо 2%.