Путешественники с опытом подскажите, пожалуйста, в поиске маршрутов никак не пойму каким образом в Хаконе или Аракураяму доехать по jr pass преимущественно)

На счёт Хаконэ, от станции Токио до станции Одавара идёт прямой синкансен, спокойно по jr pass едете а потом уже либо отдельно билетик покупаете на автобусы, канатки и тд. либо специально hakone pass. В принципе если поедете по стандартному маршруту он у вас окупится.

По JR Pass можно доехать только до Одавары, дальше идут частные линии.