Скажите пожалуйста а где надо делать апостиль у нотариуса для репатриации в Израиль?

Во-первых, в какой стране надо ставить апостиль на нотариальный документ? Во-вторых, ставить Минюст, в России, на все нотариальные документы в отделение. В-третьих, зависит от города. Москва- отдельное государство)), там всё по-другому, могут и в МФЦ ставить Вопрос свой уточнитедля эффективности.

Апостиль на нотариальный документы я делала в министерстве юстиции. Это Краснодар.

Апостиль у нотариуса делать не надо. Такой апостиль подтверждает только законность выдачи нотариальной копии документа, а не законность выдачи оригинала. Это может быть применимо толк о для копий архивных документов, но никак не для тех которые вы несёте в оригинале.