Подскажите пожалуйста если у меня ИП в грузии и я в нем получаюсь единственный сотрудник, надо ли мне регистрироваться в базе данных минздрава, и дальше регистрировать себя?

Вы не наемный сотрудник у ИП. В данном случае, Вы его учредитель. По-умолчанию, не нужно. Для подачи на трудовое ВНЖ по ИП+50 к лари пока до конца непонятно, нужно ли будет получать регистрационный номер.