Как из основного вокзала в Токио уехать в Киото? В какую кассу стоять и перед отправлением можно купить билет на поезд или заранее нужно?

Можно купить перед отправлением.

Ищите указатели на shinkansen , там обычно свои кассы, билет купить можно и в автомате тоже, но за нал, да ни разу проблем не было о_О с покупкой билетов.