Могу ли я вылететь из Казахстана по загранпаспорту в другую страну, если заезжала по российскому внутреннему?

Конечно. Вы выезжаете по тому паспорту, который нужен в стране, где вы будете. Если туда не попасть по внутреннему, о чем речь?) просто носите с собой оба.