Подскажите, из Праги можно купить билет до Таллина, чтобы потом в РФ заехать? Посадят на борт гражданина РФ?

Если легально находитесь в зоне Шенгена- то в рамках действия всей визы и в рамках срока пребывания в Шенгене- можете. Есть отдельные авиакомпании, которые по незнанию или по самодурству отдельных работников - не пускали. Но давно эксцессов таких не было.