Я сделал себе e-visa на сайте kmid и собираюсь въехать как иностранец из ЕС. Есть ли новости которые мне нужно знать, или можно спокойно перейти границу?

Посмотрите список КПП которые можно пересекать по эл визе. И выберете один из них.

Через другие не получится, например через Беларусь не пропустят, развернут.

Я правильно поняла, что у вас 2 паспорта, один из которых РФ? Но вы хотите въехать по второму, к которому "привязана" виза?