Если планировать условно N числа уехать из Киото в Хиросиму, день погулять, переспать ночь, с утра одним днем сплавать в Миядзиму и обратно, снова ночь в Хиросиме и наутро отправится обратно в Токио.(

На всех этапах маршрута можете пользоваться jr, за исключением шинкансенов, которые не входят. Это Нозоми точно, может еще какой-то не помню. уних всех чууууть более медленные аналоги (Сакура, Хикари), так что доедите точно.

По всем вашим маршрутам действует пасс, да паром тоже входит (только не спутайте с другим) на миядзиму одного дня достаточно (я ещё с ночёвкой там была, мне понравилось)

Да, прарвильео уточнили. Смотрите - там практически в одно время уходят 2 парома. АВам нужен на котором прям JR и выход также называется.