Может кто знает - Как можно получить визу для Японии вылетая с острова Бали .

Либо у Вас местный внж, либо второй паспорт рф без отметок о том, что Вы покинули территорию. В первом случае , подаетесь локально, во втором, отправляете документы в консульство в рф через агентов/знакомых.