Подскажите, может ли гражданин РФ находиться в Латвии транзитом из Германии в Швецию, имеет немецкую визу D по воссоединению семьи с работающей в Германии обладательницей немецкого ВНЖ.

Конечно может. Спокойно можно передвигаться в Шенгене.

Нет, виза имеет совсем другой статус, чем внж. Внж - это проживание в ЕС. Виза - это пребывание. Совсем другой статус. Въезд в Латвию из шенгена никак не ограничен.