Буду жить в Токио, выезд за город раза два, подскажите , пожалуйста как сэкономить на проезде.

В поездках за город вы вряд ли сэкономите, по городу вопрос в том сколько вы будете жить и что делать. Имхо нужно принять,, что транспорт в Японии дорогой. В городе лучшим вариантом сэкономить будет грамотно составить маршрут, чтобы не ездить взад вперёд из , так как цена поездки зависит от расстояния.

Используйте туристическое приложение Японии и google map. Они показывают пересадки и стоимость проезда.