Посоветуйте пожалуйста, куда поехать после Киото на 3-4 дня, что бы была удобная логистика ( потом в Токио возвращаться) и посмотреть что было (

Нагоя (по пути онсены есть в Хамамацу и Хаконе).

Но лучше, конечно, по линии Хокурику в Токио вернутся, через Каназаву (Сиракава-го там же), Нагано, Мацумото. Онсенных деревень вдоль этой линии много, самая известная Кусацу.