При полете через Стамбул с ночевкой, если билет единый турецких авиалиний, то возьмут багаж до конечной точки?

Конечно.

Если пересадка меньше 12ч.

Не просто возьмут, а вы можете часть багажа (например один чемодан) с нужными вещами для ночевки зарегистрировать до Стамбула, а другой чемодан - до конечного пункта. Тогда на ленте в Стамбуле заберете только один, остальные останутся на транзите и потом полетят за вами. Мы так летали на майские.