Летим Владивосток - Пекин Аэрофлотом , а далее до Сеула China Eastern Airlines . Получается стыковочный рейс , пересадка 12 часов. Могут ли возникнуть трудности в Китае, так как разные авиакомпании и это не транзит?

Будет все нормально. Заберёте багаж и заново зарегистрируетесь.

Трудностей не будет, не переживайте. Ниже скрин с сайта аэрофлота.(У нас друг летит 7 мая Хабаровск-Пекин (Дасин) Аэрофлот, затем меняет аэропорт на Шоуду, и дальше Пекин-Бангкок, все покупал через агента!) У вас ещё проще.