Лечу из аэропорта Кансай в Токио Нарита, скажите на внутренних вылетах быстро все формальности можно пройти?

Если без багажа, то быстрее некуда. С багажом чуть подольше, так как сдать его можно до определëнного времени до вылета. Время это обычно зависит от правил авиакомпании. Паспорт не нужен, досмотров минимум, рожа лица - в Японии Ваш главный документ.