Апостиль здесь ставят на сам СОР, в регистр цивил? Как и в России, верно?) И при подаче на дни и паспорт , можно фото ребёнка в паспортном столе сделать? Или там нет такой услуги.

На сам не ставят, если ставят (а они могут), не соглашайтесь. Только на копию.

Фото делают во время подачи на DNI и паспорт. Важный момент: для паспорта (но не для DNI) ребёнок должен быть одет в одежду, что не просто если у вас грудничок и в такое жаркое время, но нужно озаботиться.