просрочил свой срок пребывания в кз уже на 3 дня, у меня на руках все документы для рвп, мне его дадут?

Скорее всего вместо рвп вас оштрафуют.

После принятия нового закона с этим строго, можно же было выехать и новые 90 дней получить.

Сначала сходите в миграционку, оплатите штраф (ну или вынесут вам предупреждение) и там же у них подайте документы на РВП.