Подскажите, если уже 35 день как я нахожусь в Кыргызстане и нужно выезжать в Казахстан срочно на пару дней потом обратно

В течении 30 дней надо было встать на регистрацию(если гр. РФ). Штраф на границе могут взять, а могут и так пропустить. Все зависит от настроения пограничника).

Уточните пожалуйста, за ребенка 1.5 года тоже будет штраф ? И еще, можно ли оспорить этот штраф на месте учитывая что ЦОН не работал с 1-6 число ? С этим учетом 29 дней я нахожусь в Кыргызстане.

Я слышал, что на мелкие нарушения могут закрыть глаза (в теории, свечку не держал). Но вполне вероятно, что небольшой штраф будет. Смотря кто попадётся, наверное. Вы, главное, в следующий раз повнимательнее с этим, чтобы злостным нарушителем не стать.

Скорее всего на границе нет доступа к базе по датам заезда и выезда, не смогут узнать эту информацию пока сами не сообщите, это из опыта 5 летней давности только.