если въехать в Казахстан по внутреннему русскому паспорту, можно будет потом оттуда улететь в другую страну по загран?

Можно. Просто могут поинтерисоваться каким образом попали в Казахстан. У нас так было. Въехали на поезде по российскому, потом в Узбекистан по загран. Меня ничего не спросили, а мужа замучили на границе в аэропорту.

Я так делал, паспортный контроль затупил на пару сек, спросили как заехал и все. Без претензий.