Подскажите пожалуйста, если есть справка из junta, я могу поменять свой адрес nif на местный в Португалии?

Вряд ли, обычно просят ВНЖ вдобавок.

Кто-то менял, но меня развернули два раза, даже с номером манифештасао .

Можно. Я недавно поменял. Эту бумажку мне дали в финаншас. Тут говорится о том, что на портале финаншас надо написать в специальной форме сообщение и приложить один из документов из списка.