про машину на стоянке в аэропорту можно забыть? Мы приехали из Москвы, далее улетели Рига - Рим. Обратно нас получается не пустят Рим - Рига?

Рим это ЕС вы там не проходите паспортный контроль, и как кто узнает, что вы русские? И соответственно по какой причине вас не пустят? А Эстонцы сказали, что через свою территорию выпускают русских домой. Сели и поехали.

А если автобусом?

29.09. летела Рим- Таллин, никаких вопросов у Ryanair, посадочный и паспорт! Далее автобус Люксэкспресс до Спб. Транзит к месту проживания разрешен.