Подскажимте, апостиль ставятся на нотариально завернной копии или на самом документе для Португалии?

И так и так.

Нужно на самом документе. когда вы ставите апостиль на копии вы апостилируете подпись нотариуса (копию, а не сам документ). в сефе такой не примут.

Если ставится апостиль на нотариальной копии, то он заверяет подпись нотариуса, а не сам документ. Поэтому апостиль надо ставить или на оригинал, или на дубликат.