можно ли будет вернуться в РФ через Эстонию?

Я думаю можно. Я это собираюсь сделать 26.09)

Они всех выпустят россиян, только потом уже не впустят.

В случае, если гражданин РФ немедленно проследует в страну проживания, то да ( как то так)