Подскажите, если есть 2 паспорта - Израиль и РФ и если напрямую лететь в РФ (и обратно) - въезжать надо с российским, а если, например, въезжать через Белоруссию, можно ли по израильскому? Или могут быть проблемы на выезде (не через Белоруссию)?

В Белоруссии лучше въехать по паспорту РФ, т. к далее следовать через наземные переходы можно только гражданам РФ и РБ. И второе, если вы гражданин Израиля, вам нужно регистрацию сделать в Белоруссии по месту проживания(там какое-то количество дней определённое разрешено, но и могу ошибаться в формулировке.)

Если вы имеете ввиду, можете ли вы въехать в РФ через Белоруссию с драконом, то нет. Хоть через Луну вы летите, закон говорит о том, что вы должны быть с паспортом РФ как гражданин РФ.

В Белоруссии можно даже с внутренним России.

Я уже 3 раза выезжаю из рб по даркону, въезжаю по общегражданскому рф, печати не ставятся, загран рф, хоть и с собой, но его не показываю, всё нормально, никаких нарушений закона, ни рф, ни рб, ни третьих стран - нет.