Дочь закончила Университет в Германии, нашла работу по специальности, а ей отказали в рабочей визе, обосновав это тем, что зарплата ниже средней по этой должности в этом регионе.

Да, это стандартная ситуация. Рабочую визу получить-получить работу с зп повыше. На сайте Gehalt. de можно сравнить примерно зп по позиции и региону. Ваша дочь не первая в такой ситуации. Они проверяют, чтобы иностранцы не демпинговали зп.