Пропустят ли финские пограничники через границу Финляндии, если мы с дочерью едем с ВНЖ в Нидерланды с визой D, есть все документы, подтверждающие это и сертификат с госуслуги о перенесённом заболевании?

Гарантий нет. Сертификат с гос. услуг не даёт вам право для въезда в страну. Но позволяет вам выполнить санитарные правила при въезде. Решение о вашем въезде будет принимать сотрудник погран. охраны на месте, если сочтёт вашу причину необходимой.