Подскажите пожалуйста, если действующая виза в старом паспорте а въезд в Эстонию по новому, так же можно?

С сайта посольства: Пока срок действия визы не закончился, вы можете пересекать границу, предъявляя на пропускном пункте оба паспорта. Однако это не касается тех случаев, когда новый паспорт выдан на другую фамилию.

Да, так можно. Ездила с двумя паспортами пол-года.