верно ли, что гражданам РФ сейчас можно пересекать на автобусе границу с Эстонией при наличии любой Шенгенской визы и сертификата о вакцинации ?(у меня европейская)

Да верно. И ваш сертификат не должен превышать срок 9 месяцев. Если "старше" то он не действителен. + для выезда из РФ нужны оснавания(родственики, лечение, работа, учёба, недвижимость)