Подскажите, пожалуйста, прилетели с женой во Вьетнам без визы, имея 45 дней. задумались над тем, что бы сделать E-Visa на 90 дней.

Через миграционную службу нельзя. Можно выехать из страны в соседнюю на несколько дней и податься на электронную визу самостоятельно или в агентсва, выехать на автобусе/машине в Лаос — пока вы за пределами вьетнама, вам ее оформят за пару часов, и можно возвращаться.