С визой Испании пустят ли в Германию?

конечно, это же шенген

Влетать в Германию сразу я бы не стал, а если влететь через Испанию и потом поехать в Германию, проблем не вижу

Имхо, пустят, если виза на весь Шенген и мульти и открыта ранее, или если вы им сможете показать билеты и брони, объясняющие, как вы планируете попасть в Испанию.