Я гражданка РФ, проживаю в Казахстане по ВНЖ, беременна от Европейца, если я рожу в Казахстане

да, вы имеете на это полное право, при условии, что вы обратитесь прямиком в консульство РФ, минуя местный казахстанский РАГС, так как российское свидетельство о рождении выдается консулом только в том случае, если акт гражданского состояния еще не был зафиксирован властями Казахстана. Получив именно российский документ, вы беспрепятственно оформите материнский капитал через Госуслуги, поскольку отсутствие прописки в России не аннулирует ваши права как гражданки, а статус отца европейца в данном случае вторичен, так как гражданство ребенка и ваше право на выплату определяются именно вашей принадлежностью к российскому государству