Подскажите, пожалуйста, если дата вылета/прилета в брони авиабилетов для визы в Японию не будет совпадать с реальными датами, то не будет проблем в аэропорту?

Не берем в расчет такой тип "брони", но по факту вы правильно написали – главное попадать в параметры выданной визы, а после ее выдачи уже все равно, как вы будете менять даты и план поездки.

после одобрения визы у вас будет 90 дней на пересечение границы.

если вы попросите 16 дней включительно и меньше - дадут 15 дней внутри (но можно быть 16 дней, да)

попросите 17-31 день - дадут 30 дней

количество дней сколько вы просите = количество дней по билетам, которое вы будете внутри

если вы попросите 16 дней включительно и меньше - дадут 15 дней внутри (но можно быть 16 дней, да)

попросите 17-31 день - дадут 30 дней

Вы имеете право пересечь границу даже в последний день действия визы и тогда запускается параллельный отсчёт в пятнадцать или тридцать дней

Вне зависимости от того на какие даты вы запрашивали визу изначально)