Есть ли какие-то риски,если с одного счета перевести деньги на другой и взять для визы в Японию выписку из банка со счета , куда переводили?

Для подачи на визу? Нет, баланс в приложении не просят показывать в ВЦ.

Ну и взять справку об остатке (именно она нужна), а не выписку с движением средств (где это будет видно).

очень маленький риск того, что вам позвонят из посольства и запросят детализацию операций.