Подскажите, пожалуйста, можно ли в Эрмитаже зайти с Церковной лестницы,пройти весь маршрут и как то попасть на Иорданскую лестницу?

Конечно, начнете маршрут с Церковной, закончите Иорданской). В самом музее свободное передвижение, просто на входе разграничение людского потока).