А можно прилететь с пхукета в куала лумпур и не выходить в город, а сразу дальше улететь в сингапур на 2 дня и дальше на пхукет, это же считается транзит?

Да верно Только обязательно сохраните билет из куала Лумпур в Сингапур и обратные тоже вам придется показать и заполнять arrival с ними

Будьте готовы к тому , что на посадке на рейс до КЛ могут быть вопросы . Лучше выбрать билеты с регистрацией на рейс в КЛ до Сингапура