В Японию лечу первый раз, как работает система такс фри? просто предъявляешь паспорт в тех магазинах, где она есть и они оформляют?

Да, места где он доступен как правило помечены табличками «Tax free»

Набираете на определенную сумму, предъявляете паспорт, вас считают сразу с учетом его вычета. Запаянные пакеты с покупками не вскрывать до момента отбытия из страны