Прилетим в Пекин на 3 дня, далее в Сеул на 5 дней и обратно вернемся в Пекин. Я могу сразу онлайн заполнить 2 карты прибытия в Китай и получить 2 куаркода?

Думаю вполне. Родители так делали, только у них было 3 дня в Корее.

Заполнили сразу оба за день до въезда в Китай.

Главное даты не перепутать когда будете предъявлять. Если вдруг не пройдет, то можно всегда заполнить на месте