У меня ВНЖ Казахстана сейчас собственник выписал меня и теперь хотел в другом месте прописаться онлайн а приложение говорит идти в миграционную. Какие там вопросы будут ?

С ВНЖ прописка только через миграционную и ЦОН собственником

Насколько я понял онлайн прописка не работает для не граждан РК, вам нужно с собственником лично явится в ЦОН (или где в вашем регионе делают постоянную регистрацию) и сделать прописку. Можно по доверенности с правом подписи на третье лицо, главное чтобы доверенность была не на вас.