Стоит заранее озаботиться получением визы Японии (что бы гарантированно её получить) и после уже брать билеты на самолёт? Или стоит взять билеты, пока дешёвые и уже потом заниматься визой и всем остальным?

Для подачи на визу вам нужны билеты на самолёты (или их бронь). Обычно покупают возвратные билеты, если вы из зоны риска (новые территории), или невозвратные если такого риска нет. Бронь вряд ли вы сделаете адекватную, которая бы билась на сайте АК.

Для подачи документов на визу нужны билеты.