Если я сделаю справку с остатком счета, обязательно ли держать деньги до получения визы в Японию или только на время получения справки?

Не смогут.

Деньги держать не обязательно, можно хоть для справки закинуть сумму

Посольство как правило не проверяет задолженности и не делают доп запросы в банки (банки не будут предоставлять данные, нарушение конфиденциальности) Наличие кредитки для визы наоборот хорошо

Чисто теоретически при подаче документов у вас могут попросить показать средства на счете. Это крайне редкий случай, если возникнут сомнения в реальности вашей справки