Подскажите, есть ли шанс, что не одобрят шенген в Венгрию, если туда лечу самолетом, а обратные билеты - из Польши автобусом (Гданьск-Калининград)?

Посольство Венгрии в любом случае требует полного плана поездки. И если там будет указан весь ваш маршрут включая выезд через Польшу, то проблем не будет. Но учтите что по этому плану наибольшее количество времени у вас должно занять пребывание в Венгрии иначе визу не дадут. Как оно будет в реальности проверить сложно, но по плану точно должно быть так

Это нормальный вариант для визы. Желательно также показать, каким образом Вы попадете в Гданьск (билеты/ брони и т.п.) Вы должны иметь обратный билет с собой при прохождении пасп контроля в Венгрии.