Планирую поездку в Прагу поездом из Вены, обратный вылет в Ереван из Праги. Но паспорт пятилетнего образца.

Если виза без пометки, что нельзя в Чехию, то либо штраф либо ничего. Штрафы в 20 евро бывали, максимально возможно до 200 евро. Никто не скажет, как это отразится на выдаче дальнейших виз. Если пометка на визе -CZ, вы нелегал, вас к сирийцам и прочим нелегалам.

Учитывая то, что паспорт 5-летний - главную угрозу Вашим планам представляет не вид паспорта а Ваша виза.

Она скорей всего имеет отметку ограничения вьезда в Чехию и в ряд других стран шенгена.

Если эта отметка в визе есть - Вам запрещен вьезд в Чехию, Вы будете иметь статус нелегала и это с большой вероятностью - все "прелести" процесса депортации...

Если подобной отметки в визе нет и нарушением будет только 5-летний паспорт - это штраф вроде бы до 200 евро. Если вот такое в визе есть - то виза с ограничением по странам.

В частности CZ тут обозначает что на территорию Чехии виза не распространяется.