Может кто знает - действуют ли визы, выданные Эстонией в 2021 году или их все аннулировали?

Если вы ничего не нарушали, то никто вам визу не аннулировал)

Их не аннулировали. Но для въезда в Эстонию сейчас ее недостаточно. Необходимо иметь основание. Но! С эстонской визой вы можете въехать в другие страны Шенгенской зоны. Через Стамбул, Баку, Ереван...