Подскажите, я правильно понимаю что я могу заехать в Эстонию пройти таможню и через пару часов вернуться назад ?

Ну если не встрянете в очереди, то да.

Если через Нарву, то не заехать, а только зайти.

Если вы хотите именно ехать, то будете стоять автомобильную очередь вместе со всеми