Подскажите, пожалуйста, подойдет ли для визы Японии в качестве документа, подтверждающего занятость, справка 2 НДФЛ с электронной подписью ЭЦП, а не с мокрой печатью на бумаге, как это требуется на сайте консульства?

Нет, нужна справка где указано подтверждение того, что Вы действительно работаете в этой организации с должностью и зарплатой, одной 2 НДФЛ не достаточно, по ТК РФ организация обязана выдавать такие справки по запросу сотрудника