Делаем визу в Японию в Москве, но в Японию планируем лететь через Таиланд. Билеты лучше забронировать из Москвы в Японию и обратно , чтоб не было вопросов? Или можно взять из Таиланда и это не повлияет на вероятность одобрения?

Можно из Таиланда, на вероятность одобрения это никак не влияет. Ну и обратные куда-то нужны

Японцам без разницы откуда Вы прилетите в Японию, 99% это делают через Китай, так как нет прямых рейсов, для визы нужны брони или билеты в/из Японии

Лучше взять из Тая и вылетать из Японии в Тай, а не в РФ. Не забыаайте про санкции к вылетающим в РФ и ограничения на вывоз валюты, дорогих покупок и всего такого